Se requiere del tratamiento y reuso de los 88.4 millones m3/año de aguas residuales actualmente expulsadas de la Subcuenca, para reemplazar aguas subterráneas de uso industrial y agrícola; para sanear los ríos y recargar los acuíferos; y para revitalizar la zona lacustre Tláhuac-Xico.
La Subcuenca cuenta con 17 Plantas de Tratamiento de Aguas Residuales (PTAR)1, con una capacidad de diseño para el tratamiento de 470 lps en total de la cual sólo se está logrando aprovechar el 37%. De estas PTAR, 12 tienen el potencial de habilitarse para aumentar los volúmenes tratados o convertirse en anaerobias; las demás sufren de fallas tan serias que se recomienda su demolición o su conversión en plantas de bombeo.